Les Allemands occupent la Hollande le 10 mai 1940 et y installent une administration civile dominée par la SS. Amsterdam, la plus grande ville du pays, compte une population juive d'environ 75.000 personnes, qui représentent moins de 10% de la population totale de la ville. Parmi eux, plus de 10.000 sont des Juifs étrangers qui ont trouvé refuge à Amsterdam pendant les persécutions des années 30 en Allemagne. C'est le cas de la famille Frank.Le 22 février 1941, les Allemands arrêtent plusieurs centaines de Juifs et les déportent au camp de concentration de Buchenwald, puis à celui de Mauthausen. Les arrestations et les traitements brutaux choquent la population d'Amsterdam. En réaction, les militants communistes organisent une grève générale le 25 février, et ils sonr rejoints par d'autres organisations de travailleurs. Les principales usines, le réseau de transport et la plupart des services publics sont paralysés. Sauvagement réprimée, la grève causera des dommages importants aux organisations de résistance néerlandaise.
En janvier 1942, les nazis déplacent les Juifs de province vers Amsterdam, où ils n'ont accès qu'à certains quartiers. Les Juifs étrangers sont envoyés directement au camp de transit de Westerbork. A partir de juillet 1942, les Juifs sont déportés en masse vers les camps d'extermination situés en Pologne occupée, principalement Auschwitz et Sobibor. L'administration de la ville, la police municipale néerlandaise et les travailleurs des chemins de fer coopèrent aux déportations, de même que le parti nazi néerlandais (NSB). Les Juifs sont arrêtés dans les rues d'Amterdam, rassemblés dans les bâtiments de théâtre municipal, puis transférés à Westerbork. Ils sont ensuite déportés vers les camps de la mort en quelques semaines.
Pendant la seule année 1942, les biens trouvés dans près de 10 000 appartements d'Amsterdam sont confisqués et envoyés en Allemagne. 25 000 Juifs, dont au moins 4 500 enfants, se cachent pour échapper aux rafles et à la déportation. C'est ce dont témoigne le Journal d'Anne Frank. Environ un tiers d'entre eux sont découverts, arrêtés et déportés.
Au total, au moins 80% de la communauté juive néerlandaise sont exterminés.
Au printemps 1945, l'armée canadienne libère Amsterdam et les régions des Pays-Bas encore occupées.